如其他美洲国家一样，萨尔瓦多也曾是印第安部族的土地，那里生活着玛雅、皮比尔族、连卡族等世居土著民族，他们主要从事渔猎和农业活动，生活安逸祥和。

但在1522年5月，全副武装的西班牙殖民者来到了这片土地上，大肆屠杀当地印第安人，进行武力征服。

不过，彼时的萨尔瓦多只是西班牙在美洲广袤殖民地中一处不起眼的存在，从1527年开始只是危地马拉都督府管辖地的一部分。

在殖民者的残酷剥削下，当地大量土著居民被灭绝，但反抗却从未停止。

萨尔瓦多印第安人从1537年就开始大规模起义，虽遭无数次镇压仍在坚持。

终于在1811年，当地的土生白人和混血人种、印第安人在神父J.M.德尔加多和M.J.阿尔塞的领导下，再度爆发反殖民起义。

而这时候整个拉丁美洲独立运动也风起云涌，万恶的西班牙殖民者被打得大败，最终在1821年被赶出萨尔瓦多，但随即墨西哥帝国又宣布将萨尔瓦多吞并。

没持续多久，墨西哥帝国崩溃，萨尔瓦多再获“自由”，并和包括危地马拉、洪都拉斯、尼加拉瓜、哥斯达黎加在内的原中美洲危地马拉总督区其他几国在1823年组成“中美洲联邦”。

联邦老大是曼努埃尔·何塞·阿尔塞·法戈阿加，来自萨尔瓦多。

本来，大家希望建立一个迷你版的“丑利坚合众国”，能够团结一致走向富强。

但可惜的是，各地方政权都被反动地主阶级把持，继续压迫底层劳苦大众，同时统治阶层也都各自心怀鬼胎，并且不断发生冲突。

加上缺乏强有力的中央政府，各个区域纷纷独立，最终在1838年只剩下萨尔瓦多一国，联邦遂解体。

看到联邦重建再无希望，萨尔瓦多也只能在1841年宣布成立共和国，废除“中美洲联邦”国号。

但新建立的“共和国”却没有给人民带来丝毫的尊严，政权依旧被大地主阶级控制，同时在统治阶层内部，保守派和自由派两派长期争权夺利。

如果仅仅是内忧倒也罢了，但很快，萨尔瓦多引来帝国主义的觊觎，皆因这片土地上适合种植一种能够提神醒脑，芳香四溢的神奇植物——咖啡。

西班牙人侵占这片土地的时候，意外发现萨尔瓦多雨季漫长，境内更是遍布河流、湖泊，这使得当地土壤特别适宜亚热带农作物生长。

更令人惊喜的是，萨尔瓦多火山林立，肥沃的火山土壤能够给包括咖啡在内的经济作物提供绝佳的营养。

于是，殖民者尝试种植各种经济作物，并取得大丰收，尤其是咖啡。

到了19世纪上半叶，萨尔瓦多的咖啡已经闻名西方世界，尤其是在当地1200-1650米海拔种植的咖啡豆更是成为西方咖啡迷们广泛称赞的上等货。

但是，因为咖啡树在种植后三年才能结果，较为贫苦的单户农民家庭没有能力种植，这就导致了咖啡种植业完全落到了大地主手中，普通农民只能沦为种植园的长工，以此勉强糊口。