随着清军的节节胜利，北疆地域全部都被左宗棠大人拿了下来。随后，清军的大部队直接从北疆跨过了戈壁滩和沙漠，走过了许多人们从未走过的路，沿着玛纳斯城的古迹，他们来到了达坂城下，达坂城区作为首府的东大门，自古就是丝绸之路上的重要驿站，联系南北疆的交通要冲，“达坂”维吾尔语是“山的脊梁”即隘口，自汉唐开始，即作为军政要地受到广泛关注，由此出现了重要的要地通道和交通要道白水涧道，以及军事要塞“白水镇”，并由此成为丝绸之路北道的重要经过地。

达坂城作为新疆南疆的第一道府县，它也是被推上了风口浪尖。新疆本就是一个地广人稀的地方，分别有整整十个府：“分别叫迪化、焉耆、疏勒、莎车、温宿、伊犁、库车、和阗、英吉沙尔厅和乌什厅。十个府但其实这并不是新疆的大致行政区划，麾下还有塔城、库尔喀喇乌苏、精河、吐鲁番、哈密、镇西共8直隶厅，兼巴楚一散县，共辖二十五各县，并且新疆民族纷繁复杂，稍有不慎就可能造成很大的灾害，维吾尔族人民他们凶猛彪悍、悍不畏死，从塔城守了十二年就可以看出他们的气魄和血性是一般人不可比的。新疆，分为天山北路的准部和天山南路的回部，统属於伊犁将军。其中的蒙古游牧地区实行盟旗制。维吾尔、布鲁特、塔吉克等族地区则实行伯克制。蒙古旧土尔扈特部与中路和硕特部设立旗、盟：旧土尔扈特部为南北东西四路乌讷恩素珠克图盟，和硕特部为巴图塞特奇勒图盟。

凖部地方设乌鲁木齐都统，统辖乌鲁木齐、库尔喀喇乌苏、吐鲁番、哈密、古城、巴里坤等城。其中迪化州、镇西府由新疆与甘肃省双重管辖。塔尔巴哈台由塔尔巴哈台参赞大臣管辖。伊犁及其以西地方由伊犁参赞大臣、领队大臣管理，回部设总理回疆事务大臣（喀什噶尔参赞大臣），统辖喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔等城，等新疆建省，实行与内地相同的府、厅、州、县体制。在清朝的以前都称谓新疆不叫新疆，而叫：“回疆”，它的具体范围也是十分宽广，具体范围界定为，天山以南，昆仑山以北，东界为玉门关、阳关，西界在帕米尔高原，即今新疆南疆及东疆吐鲁番、哈密两地。中间有库鲁克塔格山相隔，形成两个相对独立的区域，其西部为塔里木盆地，东部为吐鲁番盆地，回部与天山北路的准部相对，并称“南回北准”，但是按照前人对于新疆的管理也是不一样的。

在塔里木盆地，朝廷设立“总理各回城事务参赞大臣”（亦称喀什噶尔参赞大臣），管辖回部喀什噶尔（今喀什）、英吉沙尔、叶尔羌（今莎车）、和阗（今和田）、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔（今焉耆）等城办事、领队大臣及其军政事务，同时参照内地官制改造回疆旧有的伯克制度，任命维吾尔上层为各级伯克，管理各城、村事务，东部吐鲁番、哈密两地，清朝实行军、民两套体制并行的政策，军政方面设立吐鲁番领队大臣、哈密办事大臣，受制于乌鲁木齐都统；民政方面，设吐鲁番直隶厅，隶属迪化直隶州，哈密设理事粮厅，属镇西府，迪化州、镇西府组成镇迪道而隶属于甘肃省。这也算是划归一部分有经济实力的地方给了甘肃省，吐、哈两地维吾尔上层因归属清朝较早，且参加平定回疆叛乱有功而被授予王、贝勒、贝子、公、台吉等爵位，实行札萨克制度，拥有世袭领地，但受本城大臣监督，驻防的八旗兵丁在各城附近修筑规模略小的要塞，称为“满城”或“汉城”，供满、蒙、汉人官员及旗人居住，并驻扎军队。原有的旧城则称为“回城”，由伯克按照伊斯兰教法管理，伯克制是新疆维吾尔族地区历史上以“伯克”统领地方事务，具有封建领主制性质的统治制度。“伯克”为突厥语音译，意为“首长”、“王”、“头目”、“统治者”、“官吏”，后成为对新疆维吾尔族地方官吏或头人的称号。伯克原为世袭官职，一直延袭至和卓统治南疆时期。乾隆二十四年(1759年)，清朝平定和卓叛乱，统一新疆，任命维吾尔族原来官吏为各种伯克，管理各城事务。

随后就有了伊犁将军所管辖的大范围领土，直达葱岭和巴尔喀什湖一带，这个疆域范围不得不称其为小了。当清军兵临城下的时候，阿古柏的亲信他们依旧认为达坂城可以抵挡住清军的炮火轮击，刘锦棠将军对于这些来自中亚蛮邦的小国狂妄自大不屑一顾，他只管好自己的排兵布阵，给那些阿古柏军队来一点小小的大清震撼。在十一月六日，在刘锦棠、金顺等部清军的攻击下，阿古柏叛军坚守了3个月的玛纳斯光复，左宗棠拔除了阿古柏在北疆的最后一个据点，顺利底定北疆，阿古柏只得退守南疆。左宗棠收复新疆的战事出乎了所有人的意料，不仅是朝廷没想到左宗棠的进展有如此迅猛，就连支持阿古柏的英国人也没想到。为了保住阿古柏这个“代言人”，大英帝国罕见地与自己的宿敌沙俄帝国达成了一致，即共同支持阿古柏。英国人是想让阿古柏做统治新疆的代言人，而沙俄则是怕左宗棠平定阿古柏后能够腾出手来收复他们侵占的伊犁河谷地区。

形势的突然变化，给左宗棠收复南疆的战事增加了不小的麻烦，而左宗棠必须要快速解决南疆的阿古柏主力，否则就会给英俄干预南疆的机会和时间。阿古柏也知道，要想维持自己在南疆的统治，必须抗住左宗棠的进攻，而为了抗住左宗棠的进攻，阿古柏也是煞费苦心的，他在清军南下的必经之地构筑一条坚固的防线，即以达坂城、托克逊、吐鲁番三城组成品字形防御阵势，在此布置重兵防守，三城互为犄角，而尤以达坂城为核心。阿古柏认为他达坂城--托克逊--吐鲁番防线固若金汤，这就是左宗棠大人的战略部署，并且形成犄角之势互相帮衬，那么收复南疆的时间将大大增加还有后勤的军力补给都是需要考虑的，左宗棠大人仔细分析了阿古柏的部署，做出了针对性的安排，即“擒贼先擒王”，以清军主力刘锦棠部进攻达坂城，徐占彪、张曜分别进攻托克逊、吐鲁番，以牵制两城的叛军回援达坂城。

4月14日，刘锦棠率所部湘军从乌鲁木齐出发南下，徐占彪、张曜景从，左宗棠坐镇乌鲁木齐居中调度。左宗棠还以刘锦棠为前敌总指挥，受命节制其余清军，金顺则留守乌鲁木齐以监视沙俄动向（此外，还有一个原因是因为怕金顺又杀俘，继而激化叛军的抵抗意志）。4月20日，飞将军刘锦棠就抵达了达坂城下，叛军打死也不相信刘锦棠来的这么快，虽然城内叛军有7000之众，且多装备了英式火器，但刘锦棠“飞将军”的名号太恐怖了，仗还没打，就已经逊了一筹。刘锦棠在达坂城外的制高点上构筑了炮兵阵地，之后日夜轰击达坂城，达坂城内的叛军损失惨重。叛军也不想坐以待毙，几次组织兵力突袭刘锦棠，但都被刘锦棠的骑兵杀的大败而归。第二天，一声震耳欲聋的爆炸声惊动了刘锦棠，原来叛军的火药库被清军火炮击中，进而引发了城内的大爆炸，城内叛军军心大乱，刘锦棠趁势突入城内，攻占达坂城。此战，清军伤亡167人，斩杀叛军2000余人，俘虏阿古柏任命的达坂城守将爱伊得尔呼里在内的1200多人，缴获战马800多匹，洋枪1400余枝。之后，刘锦棠又会合徐占彪、张曜再破托克逊、吐鲁番2城，全歼守敌，阿古柏苦心经营的达坂城--托克逊--吐鲁番防线，被清军在短短的1个月内全部摧毁，阿古柏的精锐也大多葬送在这三城之内，如今，通往南疆的大门已经向刘锦棠敞开。

当时的阿古柏也是已经心力交瘁，没什么斗志了，因为打了整整一年半的时间了，什么好处都没捞着，而且自己的北疆地区全境丢失，守着这个偌大的南疆还有后面加个沙俄虎视眈眈，西南边的英国蠢蠢欲动，他生怕自己一个不小心就把自己的后路给抄断掉了。因为伊犁毕竟还在俄罗斯沙皇帝国手里，他往后面退也只能往浩罕方向退，退入俄罗斯沙皇地区，那无异于死路一条。所以他十分的头疼，加上英国佬朝秦暮楚、朝令夕改的德性，所以对于后勤他也是有很大的问题的，加上自己的国家虽为一个国家，但是经济落后，实力贫弱的国家，而且还是四面楚歌，北、西东三面全是经过工业化的国家，那就是鸡蛋碰石头。

紧接着，当达坂城战役的结束引发了两场大规模战役，就是在吐鲁番、托克逊一带展开了激战。

第一场战役就是托克逊战役，托克逊位于达坂之南，距达坂一百六七十里路程，大军行进，需要一天以上时间。为了防止敌人探知我军行动，刘锦棠率部于三月十一日晚上从达坂悄悄启程，第二天早上，大军抵达白杨河。在这里，刘锦棠将所部分作两路：“一路由罗长祜、谭拔萃、章洪胜、席大成、陶生林、谭和义、汤仁和等率马步六营，分别由东南两个方向挺进吐鲁番，与徐占彪、孙金彪两部会攻吐鲁番城；一路由刘锦棠自己率领谭上连、黄万鹏、张沛、李隆宝、戴宏胜、陈广发、贺长发、董福祥等马步十四营，朝着西南方向前进，直捣托克逊。”，罗长祜等领兵而去，刘锦棠则领兵直趋托克逊。

结果呢就有一个人提前溜走，他的名字叫海古拉。托克逊是南八城的门户，关系到阿古柏集团的存亡。阿古柏不惜血本布防托克逊，役使兵士和当地回众在由达坂通往托克逊的隘口修筑了两座坚固的新城，修建了防御工事，布置了大炮等火力，并安排重兵布防。上年官军入疆后，阿古柏即亲自布防、驻守托克逊，准备与官军决死一战，以挫败官军收复南疆的战略企图，保住他的“洪福汗国”。后来，由于玛纳斯战役使官军错失了于大雪封山前下兵南疆的时机，因此也给了阿古柏苟延残喘的时间。年后，阿古柏将托克逊交付给他最信任的儿子海古拉，自己则回驻喀喇沙尔，因为他也担心俄罗斯军队会从伊犁翻越冰岭，在身后捅他一刀。白彦虎被处置于托克逊，由海古拉防守，据战后统计，托克逊城驻军达二万数千名，其中安集延人达两三千名，其余为阿古柏从南疆各城裹挟而来的回众。应当说，托克逊城的敌军数量与军事实力，远远超过了官军入疆以来所经历过的任何一次战役，也超过了官军此后经历的所有战役。托克逊战役，是官军收复新疆过程中遭遇敌军最多的一次，如果敌我之间展开正常攻守的话，官军不见得能够轻而易举地得手。